El Consejo Académico es la entidad consultiva para el gobierno y la dirección académica del ISET en todo lo referente a los estudios.[1] Lo integran: el Rector, el Director de Estudios, dos miembros del Consejo Directivo, un profesor permanente de cada área académica, un representante de los formadores y el Presidente del Consejo Estudiantil.
P. Enrique Segovia Marín, ofm – Rector
P. Guillermo Ramírez Livia, cssr
– Director de Estudios
Fr. Juan José Salaverry Villareal, op (Superior Mayor) –Presidente Consejo Directivo
P. Manuel Díaz Mateos, sj – Área de Sagrada Escritura
P. Raúl Pariamachi Fonseca, sscc – Área de Teología Sistemática
P. Javier Uriarte Centaño, sj – Área de Teología Pastoral
Sr. Humberto Quispe Hernández – Área de Filosofía
Srta. Carmen Monroy Gálvez – Área de Ciencias Humanas y Pedagógicas
P. Miguel Lerena Lerena, oar – Delegado de los Formadores
Presidente del Consejo Estudiantil